山罔百介，一个为撰写《百物语》而游历诸国的隐居者，在一个雨夜因为自己的迟钝邂逅了一个神秘的“三人组”：擅长骗术的御行师——又市先生；擅长操纵玩偶的傀儡师——阿银小姐；擅长鸟寄的模仿师——长耳先生。至此，卷入了一系列诡异的事件之中，这些事件成就了他的《百物语》的素材。“三人组”从开始到最后都一直充满着神秘感，经常不经意的出现又突然消失，但是他们出现的地方都是伴随着诡异的流言，他们似乎是生活在黑暗世界的人，很有可能是阴间（后期百介在一份资料中查得长耳如果活着的话应该200岁了）。还有那间或出现的京极亭，似乎控制着“三人组”，还有黑庵、白庵这两个欧巴桑，处处都透着神秘。
百介随着“三人组”见识了种种诡异事件，这里面的鬼怪并不像人们平常所想象的那种，他们都是那些平常生活在我们身边的人变的。人性有着黑暗的一面，当你因为某种事而舍弃自己的人性，逃避起来，那扭曲的人心使你开始变成了所谓的“鬼”，一次又一次地犯下罪行，而不自知。带有悬遗的剧情、弥漫着的恐怖的氛围、四处飞溅的鲜血、各种贪婪变态的行为处处给你以心灵的震撼，“三人组”以他们特有的手段将那些隐藏在暗处的罪恶曝露在人前，再对他们用符进行“御行为奉”。伴随着寂静的铃声，有市缓缓道出：“踏上正道便能功成名遂，步入歧途就会墮入深渊，毕竟不过是梦境和虚幻，邪念和野心在黑暗中消失，留在世间的只有诡异流言。”