为了追踪叛忍百足，五代目火影网手（胜生真沙子 配音）命令大和（小山力也 配音）率领小樱（中村千絵 配音）、漩涡鸣人（竹内顺子 配音）、佐井（日野聪 配音）等人前往楼兰。楼兰某处地下藏有蕴含巨大能量的龙脉查克拉，很久以前被第四代火影封印。而百足的目标则是解开封印，释放恐怖的力量。经过千钧一发的搏斗，鸣人变成孤身一人，他意外来到一座繁华的失落城市，在此遭到了傀儡部队的袭击，并得到神秘木叶忍者的救助。之后鸣人邂逅楼兰女王萨拉，而围绕这个美丽的女子，邪恶的阴谋正悄悄展开。时空错乱，旧日的影像浮现……
本片根据漫画家岸本齐史的同名原著改编，是“疾风传”系列第四部剧场版。