距离与维克特路基艾尔的决战已经过了一年，光（根岸拓哉 饰）结束了一年的海外进修，回到了日本。此时，咲夜（小池里奈饰）和玛娜（最上もが饰）也一起加入了UPG，组成了新生UPG。然而，和平却没能一直持续下去，雫丘的上空突然出现了谜样的时空城，以及呼喊着“封印所有奥特曼”的超时空魔神艾塔鲁伽和女战士阿蕾娜（小宫有纱饰）。银河和维克特利同UPG一起与艾塔鲁伽、阿蕾娜展开了战斗，但却遭遇了苦战。
战斗中，从别的宇宙赶来的青年春野武藏（杉浦太阳饰）和赛罗奥特曼出现了。为了打倒艾塔鲁伽，赛罗给光、胜（宇治清高饰）进行了特训。UPG也为了解救被封印的奥特曼，和武藏一起突入进了时空城…