表面看来，九之濑宙太（村濑步 配音）只是一个平凡的初中生，但实际上，他常常能够听到别人听不到的声音，这一特质困扰着他，导致他的个性十分的软弱和自卑。一天，宙太突然被告知，他被选中成为了宇宙警探elDLIVE中的一员。实际上，有很多宇宙人潜伏在人类之中，宇宙警探就是为了维系宇宙人和人类之间的平衡所创办的组织。
就这样，毫不起眼的宙太肩上担负起了沉重的任务，宇宙共生体多尔（钉宫理惠 配音）成为了他的搭档。个性飞扬跋扈好胜心强的贝罗妮卡（饭田里穗 配音）、成熟稳重略微有些害羞的妮诺奇嘉（Lynn 配音），和宙太一起声张正义的还有这些可爱的女孩们。